La Maestría en Enseñanza de Lenguas y Cultura es un programa que tiene como objetivo la profesionalización de personas que se dedican a la enseñanza de una lengua extranjera (incluyendo el español). El programa busca que los maestros sean capaces de resolver problemas que enfrentan en sus aulas, razón por la que está dirigido a personas que trabajan.

Ante la problemática de mejorar las competencias lectoras de los estudiantes de educación media y media superior la Facultad de Lenguas y Letras propone la apertura de la Maestría en Enseñanza de Estudios Literarios con la finalidad de formar docentes que desarrollen las competencias lectoras del discurso literario y las comunicativas 

La Maestría en Lingüística de la Universidad Autónoma de Querétaro ofrece una sólida formación en Lingüística General desde una perspectiva funcional, cognitiva y tipológica.

El programa de Doctorado en Lingüística tiene como propósito formar investigadores con alto nivel de preparación para llevar a cabo estudios lingüísticos originales desde una perspectiva cognoscitiva/funcional a nivel teórico y/o aplicado.